Esta casa vinícola encuentra sus orígenes en las expediciones de los misioneros jesuitas que llegaron a la zona junto con colonizadores y soldados españoles ya desde 1697. La misión de Santo Tomás de Aquino, fue fundada por José Loriente el 24 de Abril de 1791, en lo que ahora se conoce como el valle de Santo Tomás.

En esos años, la misión contaba ya con dos mil parras y cien olivos, además de otros cultivos y animales para el sustento de sus habitantes. Como estaba cerca del mar, comerciaba sus productos con los buques que llegaban al puerto, haciendo intercambios por azúcar, tabaco, arroz y telas. Tiempo después, en 1859, los bienes de la iglesia fueron expropiados. La hacienda, entonces, pasó por diversas manos, hasta que Loreto Amador, tomó posesión del lugar, continuando con el cultivo del viñedo y la producción de vino. En 1888 la vendió a Francisco Andonegui y Miguel Ormart, quienes ese mismo año fundaron bodegas Santo Tomás.

Ormart y Andonegui tenían una tienda de abarrotes en el pueblo de Ensenada, en donde empezaron a vender, además de una gran variedad de granos y diferentes productos, el vino que producía su recientemente adquirido viñedo. Además de la variedad Misión, que había llegado a principios del siglo XVIII, ellos importaron sarmientos de variedades españolas como Valdepeñas, Palomino y Rosa del Perú.

Este fantástico legado le viene a Cosío Pando gracias a la amistad que su abuelo materno, Elías Pando, tuviera con Abelardo Rodríguez, hombre de negocios que había sido gobernador de Baja California y tiempo después Presidente de la República en la década de los años treinta. Don Abelardo había comprado la vinícola a Ardonegui y Ormart en 1932 y la había emplazado en la ciudad de Ensenada, luego contrató al enólogo italiano Esteban Ferro y emprendió la tarea de hacer crecer la compañía. En 1939, se embotelló el primer vino de Santo Tomás en Baja California.

Al principio de la década de los setenta, don Elías tomó posesión de la empresa de manos del General Rodríguez. Pando había venido de Asturias y había encontrado su vocación como abarrotero de la Merced. Como todos los refugiados españoles, bebía vino todos los días para acompañar sus comidas. Por eso para Pando el mundo del vino no era una cuestión ajena a sus costumbres cotidianas. Así, el gusto por el disfrute del vino que había aprendido desde la infancia, hizo que cuando tomara posesión de las Bodegas Santo Tomás decidiera que pondría todo su esfuerzo en producir los mejores vinos del país.

Para lograrlo, muy al principio contrató al enólogo Dimitri Tschelicheff, cuyo padre se había hecho famoso por haber impulsado los vinos californianos de calidad. Dimitri se dio a la tarea de modernizar todos los procesos de vinificación de la empresa, para lo cual introdujo tanques de fermentación de acero inoxidable y pequeñas barricas de roble para el proceso de añejamiento. También, hizo cambios importantes en los viñedos, plantando variedades diferentes de uva, como Cabernet Sauvignon, Barbera, Pinot Noir y Colombard.

Elías Pando se ocupó de Santo Tomás a lo largo de unos veinte años. En ese tiempo logró que la empresa produjera vinos de alta calidad y logró que esto empezara a reconocerse, pero en 1988 Antonio Cosío padre, yerno de Don Elías, compra la empresa.

Antonio Cosío padre adoptó apasionadamente la línea que su suegro había dictado para Santo Tomás antes de la crisis de los ochenta. Para retomar el compromiso de hacer vinos de alta calidad, Cosío invitó en 1989 a Hugo D'Acosta. Lo primero que hizo D'Acosta fue transformar la bodega. De ser productora de volúmenes masivos, pasó a ser una empresa de elaboración de vinos de alta calidad. En ese entonces, empezaron a introducir al mercado vinos varietales mexicanos, como Tempranillo, Chardonnay y Cabernet Sauvignon. Para producir vinos premium, bajaron aún más su producción y también, construyeron una nueva planta.

En 1999, el hijo de Antonio Cosío, Santiago Cosío Pando toma las riendas de la compañía. Los diez últimos años han sido cruciales porque fueron dedicados totalmente a mejorar la producción. Ahora, Santiago está abocado a difundir su proyecto. Sabe que el tener un vino de primera no es suficiente, que tiene que participar a la gente, convocarla e invitarla a conocerlo. Quiere eliminar por completo, de una vez, el prejuicio que todavía sufre la vinicultura mexicana por parte de los mismos mexicanos, y hacerles saber lo que ya se sabe en el mundo entero, en el mundo de los vinos: que el mexicano está a la altura de cualquiera.