Es en este contexto que en 1593, Francisco de Urdiñola estableció la primera bodega en el valle de Parras, hoy estado de Coahuila. Y sí, fue ahí que se produjo el primer vino de América hecho con fines comerciales, no para el rito religioso, no para el autoconsumo. Poco después, en 1597, Lorenzo García estableció la Hacienda de San Lorenzo con su respectiva bodega. Sorprendentemente, ésta sigue funcionando. La vinícola, que hoy se llama Casa Madero, conserva la estructura original que le diera Don Lorenzo. En un inventario de la hacienda fechado en 1650, ya estaba registrada la existencia de más de noventa mil cepas de parras plantadas, equivalentes a lo que serían hoy 90 hectáreas.

Pero ya para entonces, pesaba la ordenanza real de prohibición decretada en 1595, y aunque efectivamente inhibió el desarrollo de la vitivinicultura, no impidió del todo su expansión. Los virreyes, un tanto aislados del centro del poder, pero siempre eficientes, se esforzaron por cumplir y respetar sus mandatos. Sin embargo, la dificultad de controlar todo lo que pasaba en un territorio tan extenso, hizo que fueran varios los determinantes mensajes de la corona. Seguramente por las insistentes quejas de los comerciantes interesados, hasta principios del silgo XIX, todavía se recibían en la Nueva España este tipo de comunicados.

Pero la expansión seguía, no de la mano de los colonos o de los miembros de la milicia, sino de la mano de los misioneros, que producían vino de consagrar y para el autoconsumo. La región principal de sus esfuerzos fue California, incluyendo por supuesto todo lo que después, en el siglo XIX, se convirtió en territorio estadounidense. Así, los vinos de California, fueron, en un principio, vinos mexicanos.

El Padre Kino fue uno de los sacerdotes jesuitas precursores de la colonización definitiva de California. Se llamaba Fray Eusebio Khun, y era un cartógrafo y geógrafo de origen italiano, educado en Alemania. En 1683, formó parte de la expedición que dirigiera al almirante Isidro Atondo, quien decidió, al llegar a la bahía de La Paz, establecerse no muy lejos de ahí, en lo que después sería la misión de Loreto. Pero el intento fracasó por lo inhóspito de la región. Desde aquella aventura, el padre Kino mantuvo la ilusión de evangelizar California, y de alguna manera, su sueño se cumplió con las iniciativas de otros frailes, quienes al final del siglo XVII y a lo largo de todo el XVIII, fundaron una serie de misiones que fueron cuna y clave de la vitivinicultura mexicana.

La primera misión en Baja California fue Nuestra Señora de Loreto, fundada en 1697 por el padre Juan María Salvatierra. Pero el que está considerado como el padre de la viticultura de California, es el padre Juan de Ugarte quien se ordenó en el Colegio de San Ildefonso de la Ciudad de México y quien, luego de conocer a Salvatierra, quedó convencido de viajar hacia California. Muy pronto, Ugarte quedó como procurador de las misiones, por lo que en uno de sus viajes de abastecimiento a Guaymas, trajo consigo sarmientos de vitis vinífera, la variedad de viña de la cual se produce hoy en día casi todo el vino del mundo. Antes de que esta variedad llegara, había vides locales, pero que no producían el resultado esperado por los nuevos habitantes de la Nueva España.

Héctor Arriola y Espinosa, autor de Apuntes de un Cofrade publicado en 1996, recogió el testimonio de el Padre Miguel del Barco - respetando su sintaxis- quien a mediados del siglo XVIII escribió: ".... (Existen) en primer lugar las parras silvestres o cimarronas. Estas se hallan en aquellos parajes de los arroyos, donde hay cerca un manantial. Tienen el tronco delgado y enredado entre otros arbustos que las sostienen. Sus sarmientos, hojas, racimos y uvas son, en lo exterior, sumamente semejantes a los de las parras europeas pero todo mucho menor que lo que producen estas últimas. Las uvas son menudas y nunca maduran, de suerte que queden dulces; antes bien siempre son agrias, y cuando mas pudieran servir, si se recogiera cantidad, para hacer vinagre. Cada racimito tiene como ocho o diez de estas pequeñas uvas o pocas más. Dícese que el primer pensamiento que el padre Juan de Ugarte tuvo de llevar vides a la California fue excitado de ver en ella éstas silvestres de que hablamos, infiriendo que, pues la tierra por sí misma producía esta especia, sería a propósito para plantar en ella con buen efecto otra su semejante, aunque, sin comparación, más noble. Es cierto que el primer árbol, extranjero de la California, que se plantó en ella fue éste."

Aquellos sarmientos fueron plantados en la misión de San Francisco Javier, que había sido fundada en 1699 por el padre Francisco María Piccolo. El producto de estos sarmientos después fue conocido como uva misión. En 1714, Ugarte llevó la vid a la misión de San José de Comundú y poco después, a las de Mulegé, La Purísima, San Ignacio y Santa Gertrudis. Para 1755, varias de ellas, con sus propias prensas, contenedores, lagares y tinas, producían algo como quince mil litros de vino al año. Para sellar los recipientes se usaban recursos del lugar, como la cera del Palo Brea y la madera del Colorín. La producción de vino en California resultó ser muy próspera y reconocida por su calidad. Se sabe que lo distribuían a otras misiones del norte del país, especialmente las del hoy Estado de Sonora.

Cuando en 1767 los jesuitas fueron expulsados de los territorios de la corona española, los dominicos y los franciscanos entraron a escena, retomando las actividades en las misiones y fundando otras. Así, la actividad vitícola continuaba. De esta etapa de fundación y cimiento, permanece como legado Bodegas de Santo Tomás, que nació como la misión de Santo Tomás de Aquino en 1791, fundada por el padre José Loriente en lo que ahora se conoce como el Valle de Santo Tomás. A principios del siglo XIX, la misión contaba con dos mil parras.